آنچه موزه آستان قدس رضوی را منحصربه‌فرد می‌کند، عشق و معنویتی است که در فضای آن موج می‌زند؛ این بار معنوی شاید از این بابت باشد که همه آن آثاری که به این موزه اهدا شده از اعتقادات قلبی به صاحب این مکان یعنی امام رضا علیه‎السلام سرچشمه گرفته است. 
سنگ بنای موزه آستان قدس رضوی در سال 1316 ش و در محل کنونی قبر شیخ بهایی گذاشته شد، از سال 1318ش اشیای نفیسی از جمله ظروف، منسوجات، کتیبه‎های طلا، درهای چوبی، سنگاب خوارزمشاهی و ... جهت نمایش انتخاب گردید. اما اولین ساختمان موزه در قطعه زمینی به مساحت 5700 مترمربع در 22 آذر 1324 افتتاح شد. با تشکیل سازمان کتابخانه‌ها، موزه‌ها و مرکز‌ اسناد ‌آستان ‌قدس ‌رضوی در سال 1379، موزه نیز زیرمجموعه این سازمان قرار گرفت و در سال 1382 به عنوان معاونت سازمان در امور موزه‌ها به فعالیت خود ادامه داد. در حال حاضر معاونت امور موزه‌های آستان‌قدس‌رضوی  دارای سه اداره و یک بخش مستقل شامل: اداره پژوهش و معرفی آثار، اداره گنجینه‌ها، اداره حفاظت و مرمت آثار فرهنگی و بخش حفاظت و ایمنی می باشد.