این گنجینه در 22 بهمن سال1364 ش، به عنوان اولین گنجینه تخصصی برای نمایش نسخه‌های خطی قرآن، مرقّعات و آثار هنریِ هنرمندان آستان قدس رضوی، در ساختمان شماره 3 موزه آستان قدس رضوی افتتاح شد و بیش از هشتاد نسخه قرآن نفیس، جلدهای لاکی و تعدادی مرقعات از مجموعه آثار موجود در مخازن آستان قدس رضوی انتخاب و نمایش داده شد. در سال 1389 و سال 1392 ش، سه تالار به مساحت 650 متر مربع به فضای نمایشی این موزه افزوده شد و یک تالار به نمایش قرآن های پوستیِ مربوط به سه قرن اول هجری (برخی منسوب به خط امامان اطهار(ع))، یک تالار برای نمایش منتخبی از قرآن های نفیس از قرن چهارم تا قرن سیزدهم هجری و تعدادی از مرقعات، و یک تالار به نمایش قطعاتی از آثار خوشنویسی (از قرن نهم تا عصر حاضر).
برخی از آثار مهم به نمایش درآمده در گنجینه قرآن و نفایس، عبارتند از:
ـ مجموعه نفیسی از قرآن های خط کوفی نوشته شده بر پوست، منسوب به دستخط ائمه اطهار(ع)، با قدمت هزار ساله که شاه عباس صفوی وقف نموده و وقفنامه آن توسط شیخ بهایی نوشته شده است.
ـ یک جزو از قرآن مربوط به قرن چهارم هـ .ق که در سال 393 ق توسط ابوالقاسم منصوربن محمدبن کثیر (وزیر و صاحب دیوان مسعود و محمود غزنوی) وقف شده است.
ـ برگي از قرآن مربوط به قرن چهارم هجری، مشهور به خط پيرآموز.
ـ یک جزو از قرآن مربوط به قرن پنجم قمری که واقف و كاتب آن ابوالبركات در رمضان 421 ق است.
ـ دو جزو از قرآن نفیس به خط و تذهیب عثمان‌بن حسین ورّاق به تاریخ 466 ق.
ـ نسخه های قرآن مربوط به قرن پنجم و شش هجری، با ترجمه فارسی کهن.
ـ دو نسخه قرآن به خط ياقوت مستعصمي، برجسته‌ترين خطاط قرن هفتم هجری.
ـ هشت برگ از قرآن به خط محقق روی كاغذ خانبالغ، منسوب به خط بايسنقر ميرزا از دوره تیموری.
ـ دونسخۀ پارچه ای زيارت‌نامه طوماری شامل جامعۀ كبيره روی پارچه كتان به تاریخ 1221هجری، و مجموعه زيارت وارث و حضرت رضا(ع)، اهدايي استاد محمود فرشچيان.
ـ انواع جلد (جلد سوخت، ضربي و لاكي روغنی).
ـ انواع قلمدان‌های لاكي روغنی، چوبی منبت‌کاری و خاتم کاری و فلزی، رحل و جعبه قرآن خاتم‌كاری شده
ـ انواع وسايل كتابت (قلم، دوات، قلمتراش، قيچي و قطزن) همچنین تابلو نقاشی قهوه خانه ای مربوط به اوایل دوره قاجار.
