علاقه‌مندان به جمهوری اسلامی ایران اعم از سران کشورهای خارجی، شخصیت‏های برجسته ایرانی و خارجی، هنرمندان و ارادتمندان به رهبر معظم انقلاب اسلامی از دور و اکناف جهان، هنر و اشیای قیمتی خود را  به معظمٌ‌له هدیه می‌دهند و ایشان نیز آنها را به ساحت مقدس آقا علی بن موسی‌الرضا علیه‌السلام اهداء می‌نمایند.  باتوجه به ارزشمند بودن این اشیاء و توجه خاص مقام عظمای ولایت به آستان قدس رضوی، در22 بهمن 1373موزه‌ای با نام موزه هدایای مقام معظم رهبری در طبقه همکف ساختمان موزه قرآن و نفایس افتتاح شد. 
اما در اسفند 1395 و به هدف «افزایش رضایتمندی زائران و مجاوران با ارتقای کیفیت ارائه خدمات موزه به صورت مفهومی و مجازی، معرفت افزایی بازدیدکنندگان، انتقال پیام به مخاطب و بازدیدکنندگان موزه»، ضمن توسعه به سه تالار قرآنی، مفهومی و محتوایی و افزایش تعداد آثار به نمایش گذاشته شده، از فناوری جدید و دیجیتال نیز استفاده شد. 
محورهای اساسی موزه جدید عبارت است از: انقلاب اسلامی، استفاده از ابزار فناوری های نوین، استفاده حداکثری از محیط موزه، تقسیم بندی مفهومی/ محتوایی و قرآنی آثار، معرفی رهبر قرآنی و جهان شمولی مقام معظم رهبری در بین کشورهای جهان، در قالب فیلم یا عکس، با استفاده از مانیتور یا تاچ اسکرین، ارائه اینفوگرافیک های تصویری (عکس یا فیلم) در خصوص دستاوردهای معنوی، سیاسی، فرهنگی، علمی و .... مقام معظم رهبری (مدظله العالی)، استفاده از بیانات کوتاه معظمٌ‎ٌٌٌٌله در موزه با استفاده از فناوری‎های نو.