سران کشورهای خارجی، شخصیت‌های برجستۀ ایرانی و خارجی و ارادتمندان به رهبر انقلاب در طول سال‌ها به نشان ارادت، تحفه‌ای را پیشکش ایشان کرده‌اند و ایشان نیز به رسم ادب، همه این هدایا را به آستان ملکوتی سلطان توس بخشیدند. گنجینۀ هدایای مقام معظم رهبری، محلی است برای نمایش این آثار؛ از تابلوهای خط و تذهیب و نقاشی، تا انواع تابلوفرش، عصا، تراش روی شیشه، معرق چوب و صدف، سوزن دوزی، قلم‌زنی روی مس، انواع ظروف، ماکت‌، مدال‏، سکه و ده‌ها شیء دیگر در این گنجینه به نمایش درآمده است که حاصل اهدای آنها از سوی مقام معظم رهبری در چندین مرحله است.

باتوجه به ارزشمند بودن این اشیاء و توجه خاص مقام عظمای ولایت به آستان قدس رضوی، در 22 بهمن 1373 موزه‌ای با نام موزه هدایای مقام معظم رهبری در طبقه همکف ساختمان موزه قرآن و نفایس به مساحت 400 متر مربع فضای نمایشی، با حضور آیت‌الله واعظ طبسی، نمایندۀ وقتِ ولی فقیه و تولیت فقید آستان قدس رضوی؛ و آیت‌الله محمدی گلپایگانی، رئیس دفتر مقام معظم رهبری افتتاح شد. 

به جهت کثرت و اهمیت آثار و ضرورت نمایشِ حداکثری اشیاء اهدایی و با هدف افزایش رضایت‌مندی زائران و مجاوران علی‌بن موسی‌الرضا موزه هدایای مقام معظم رهبری در سال 1388 به مساحت 1314متر مربع فضای نمايشي توسعه یافت.

در اسفند 1395 و به هدف «افزایش رضایتمندی زائران و مجاوران با ارتقای کیفیت ارائه خدمات موزه به صورت مفهومی و مجازی، معرفت افزایی بازدیدکنندگان، انتقال پیام به مخاطب و بازدیدکنندگان موزه»، ضمن توسعه به سه تالار قرآنی، مفهومی و محتوایی و افزایش تعداد آثار به نمایش گذاشته شده، از فناوری جدید و دیجیتال نیز استفاده شد. 

محورهای اساسی موزه جدید عبارت است از: انقلاب اسلامی، استفاده از ابزار فناوری های نوین، استفاده حداکثری از محیط موزه، تقسیم بندی مفهومی/ محتوایی و قرآنی آثار، معرفی رهبر قرآنی و جهان شمولی مقام معظم رهبری در بین کشورهای جهان، در قالب فیلم یا عکس، با استفاده از مانیتور یا تاچ اسکرین، ارائه اینفوگرافیک های تصویری (عکس یا فیلم) در خصوص دستاوردهای معنوی، سیاسی، فرهنگی، علمی و .... مقام معظم رهبری (مدظله العالی)، استفاده از بیانات کوتاه معظم له در موزه با استفاده از فناوری‎های نو.